Dnia 19 marca 1991 roku, w Uroczystość św. Józefa Oblubieńca NMP, w klasztorze poznańskim nastąpiło urzędowe powołanie do istnienia Prowincji św. Franciszka z Asyżu. Aktu tego dokonał osobiście generał Zakonu Braci Mniejszych, o. John Vaughn. Zarząd nowoutworzonej prowincji tworzyli następujący Bracia: prowincjał – o. dr Hipolit Lipiński, wikariusz prowincjalny – o. Modest Wieczorek, definitorzy: o. dr Ludwik Nowicki, o. Benigny Piechota, o. Ernest Siekierka – z Prowincji Wniebowzięcia NMP, o. Eugeniusz Krajewski – z Prowincji Matki Boskiej Anielskiej i o. Nikodem Smarz – z Prowincji Niepokalanego Poczęcia NMP. Ekonomem został o. Ludwik Nowicki, a sekretarzem Prowincji o. Benigny Piechota. Na siedzibę prowincjała i kurii prowincjalnej wyznaczono klasztor w Poznaniu. Domem nowicjackim pozostał klasztor w Osiecznej, natomiast we Wronkach zorganizowano Wyższe Seminarium Duchowne, afiliowane w 1997 roku do Papieskiego Wydziału Teologicznego – przekształconego w 1998 roku w Wydział Teologiczny Uniwersytetu im. A. Mickiewicza w Poznaniu. Aby zapewnić seminarium własną kadrę wykładowców i zarazem wysoki poziom nauki przełożeni regularnie i systematycznie wysyłają Braci na studia specjalistyczne na uczelnie krajowe i zagraniczne. Jedenastu spośród nich zdobyło stopnie naukowe doktora. W 2007 roku o. Adam R. Sikora uzyskał stopień naukowy doktora habilitowanego a w 2010 roku tytuł profesora. W 2011 stopnie doktora habilitowanego uzyskali również ojcowie Borys J. Soiński i o. Florencjan P. Szymański. W 2014 roku o. Borys uzyskał tytuł profesora UAM.

W skład prowincji weszły następujące klasztory: Poznań, Jarocin, Wschowa, Osieczna, Pakość, Wejherowo, Hel, Woźniki, Wieżyca/Kolano, Toruń, Wronki (z Prowincji Wniebowzięcia NMP), Olsztyn, Barczewo i Miłakowo (z Prowincji Niepokalanego Poczęcia NMP), Brodnica i Gdańsk Nowy Port (z Prowincji Matki Boskiej Anielskiej). Na pierwszym posiedzeniu definitorium w dniu 19 marca 1991 roku przyjęto klasztor w Bludenz w Austrii.

Braci są kustoszami sanktuariów Męki Pańskiej w Pakości i Wejherowie oraz sanktuariów maryjnych w Osiecznej, Wejherowie i Toruniu z koronowanymi obrazami.

Przy klasztorze w Toruniu przez kilka lat działała Wyższa Szkoła Filologii Hebrajskiej (WSFH). Dnia 29 marca 2013 roku w budynku WSFH utworzono Liceum i rok później Technikum Franciszkańskie.

Prowincja św. Franciszka od samego początku była otwarta na pracę ewangelizacyjną w krajach misyjnych oraz na pomoc duszpasterską w Europie i poza nią. Bracia pracowali lub pracują w następujących krajach: Demokratyczna Republika Kongo (Afryka), Libia, Ziemia Święta, Boliwia, Kazachstan, Papua Nowa Gwinea, Madagaskar, Rosja, Albania, Rosja, Szwecja, Ukraina, Austria, Niemcy, Szwajcaria, Kanada, Sudan Południowy.

Ważne miejsce w życiu i działalności Prowincji zajmuje Centralna Biblioteka Prowincji, Muzeum Prowincji, naukowy rocznik pt. „Studia Franciszkańskie” wraz z serią wydawniczą pt. „Biblioteka Studiów Franciszkańskich” i pismo młodych, „Franciszkański Świat”.

Dekretem z dnia 2 marca 2016 roku Kongregacja Instytutów Życia Konsekrowanego i Stowarzyszeń Życia Apostolskiego podjęła decyzję o włączeniu Zgromadzenia Braci Dolorystów – Synów Matki Bożej Bolesnej, założonego przez bł. Honorata Koźmińskiego OFMCap, do Zakonu Braci Mniejszych, a konkretnie do Prowincji św. Franciszka z Asyżu.

Dnia 19 marca 2016 roku, w Uroczystość św. Józefa Oblubieńca NMP, Prowincja św. Franciszka obchodziła 25-lecie swego istnienia. Punktem centralnym obchodów rocznicowych była Eucharystia, której przewodniczył ks. arcybiskup Stanisław Gądecki, metropolita poznański i Przewodniczący Konferencji Episkopatu Polski. Obecny był także generał Zakonu Braci Mniejszych o. Michael A. Perry wraz z definitorem generalnym o. Ivanem Cesarem, prowincjałowie bratnich prowincji braci mniejszych oraz konwentualnych i kapucynów. Licznie zebrali się bracia z całej Prowincji, przedstawiciele FZŚ i wierni. W dowód wdzięczności za okazane naszej Prowincji dobro ks. arcybiskup Stanisław Gądecki został afiliowany do Zakonu Braci Mniejszych. Ponadto 28 osób zasłużonych na różne sposoby dla Prowincji otrzymało specjalne wyróżnienie i statuetkę św. Franciszka.